除了常用的甲醇和乙腈外，偶尔还会用到异丙醇/乙醇/叔丁醇、四氢呋喃。这些反相不常用的溶剂通常与甲醇或者乙腈混合使用，添加比例在20%左右。由于醇类结构随着C含量增多，粘度会越来越大，因此当使用较高比例时应特别注意流速不能过大，否则可能会超过色谱柱耐压而导致柱子损坏；四氢呋喃由于易被氧化通常含有抗氧化剂BHT（2,6-二叔丁基对甲酚），含有BHT的四氢呋喃截止波长约为260 nm，因此当使用低波长条件而且必须使用四氢呋喃时，则必须选择不含有BHT的四氢呋喃，且最好现开瓶现用，否则放置过久的四氢呋喃形成过氧化物可能会造成某些化合物降解且基线亦会漂移，另外四氢呋喃对于peek材质有一定的溶胀作用，流动相中含有四氢呋喃时应避免使用peek管路及peek接头。

那么，什么时候会用到这类特殊的有机相呢？在甲醇与乙腈以及混合的流动相尝试过后还无法分离的杂质，可以尝试这类特殊的有机相，特别是对于非对映异构体、位置取代异构体等等常规反相较难分离的结构，可能会取得意想不到的效果。

有机相的种类相对简单，缓冲盐的选择则五花八门。总体来说，常见的类型有：磷酸盐、乙酸盐/甲酸盐、碳酸盐，传统的离子对试剂：烷基磺酸钠、四丁基铵盐，如今比较“流行"的离液剂：六氟磷酸盐、高氯酸盐、硫酸盐以及曾经流行的氯化盐等。